Para el USB, en el cajón principal sería un cable que conectas a la PI y en un extremo es el macho que metes en la PI en el otro lado queda un hembra que colocas en el cajón como si fuera un botón...
En ese hembra sería donde empalmarías el segundo mando cuando lo fueras a usar.
Efectivamente, soy más de PC por muchas razones... La gente piensa que la PI es grabar la SD y listo, ya verás como no controles y empiezes con los problemas, jeje! Que no cabe la imagen, que no se vea nada en la television o monitor, que no te funcionen los mandos, etc, etc...