Bienvenido al foro.
Para todo lo referente al mueble te recomiendo que te contactes con Mogue
http://arcadespain.info/Foro/index.php?topic=4319.0El fabrica y vende muebles, y de excelente calidad.
Para lo que mencionas, la RPI no debería tener problemas, igual puedes overclockear la RPI si llegas a necesitar más potencia. Eso si, necesitas comprarle unos disipadores y de preferencia un ventilador primero.
Acá un vídeo donde hacen pruebas con la RPI 3 corriendo N64
Sobre trabajar con la RPI, lo mismo que le digo a todos, montar la SD desde windows es fácil ya que tienes programas desde windows que a 2 clic hace todo el trabajo, pero si realmente quieres sacarle el jugo a la RPI tienes que meterle ganas a aprender lo básico de linux. La RPI es un microcomputador base linux.
Por ejemplo, tomemos lo de pasar ROM. Como la RPI usa linux, viene particionada para EXT4, sistema que windows no es capaz de reconocer, pero puedes usar un liveCD y formatear una parte de la SD con NTFS (o tener una partición con linux en tu PC y tener acceso completo a la SD como si fuese un pendrive) y guardar ahí las rom, snap, artes y demás, así tendrás acceso a esa partición desde un PC con windows. Hacer esto, si sabes de linux, se hace en 2 patadas, pero la gente suele pensar que la RPI es una especie de tarjeta arcade que se configura con el windows que tienes en la PC y ahí están completamente alejados de la realidad.
Algunas distros, como retropie vienen preconfiguradas con programas como samba que permiten compartir archivos con windows de forma fácil. Así han logrado acercar un computador con linux al usuario promedio, pero a la hora que te toque resolver un problema o quieras ir más allá de la configuración por defecto, si no le metes ganas a aprender lo básico de linux, entonces es mejor que descartes la RPI.
En realidad esto no es muy diferente de usar hyperspin o algún retrowindows, bajar una ISO y usarla tal cual viene no es complicado, pero si quieres sacarle el juego, personalizarla a tu gusto, etc. Si o si tienes que meterle ganas a aprender sobre el tema. La RPI es igual, solo que tienes que meterle gana a Linux.
Sobre los botones, yo diría que como mínimo el de crédito y un par de servicio, por ejemplo uno para salir de los juegos y otro para llamar el menú de configuración (como el TAB de mame). Aunque es posible hacerlo con combinaciones de botones, creo que queda mejor tener botones de servicio que no tengan nada que ver con el gameplay.
En todo caso esto depende de los emuladores y juegos que quieras correr, piensa que el gamepad de N64 son 10 botones + 4 direcciones + un stick analógico.
Sobre la interfaz para 2 jugadores, es exactamente lo que te comentaba antes, la RPI si reconoce esa interfaz pero tienes que tocar la configuración. Si le metiste ganas a aprender linux y aprender sobre la RPI, entonces no es complicado. Si por el contrario, no le metiste ganas, entonces olvídate de poder configurar bien esa interfaz.
Igual si te quieres evitar dolores de cabeza, lo mejor y más fácil es tener 2 interfaces de un jugador cada una.
Edit: Por cierto, el diámetro de los botones varia, tienes de 30mm, de 24mm, etc. Depende del botón que compres y del fabricante. Así que antes de perforar nada, lo mejor es tener claro que botones vas a utilizar.