Yo para la pi, que es arm y va bajo linux (Rasbian, es linux, de hecho es una distro de Debian muy bien optimizada para la Raspberry pi), yo utilizo en RetroArch el MAME2003+, el 2003 no merece la pena.
Al principio no me enteré muy bien de qué mame iba con el 2003+, así que con el clrmame pro me hice un remix del MAME 0.78 y del 0.139u. Y de momento, con el core mame2003_plus_libretro.so, que por cierto, pillé del Lakka, me va funcionando bien.
Si cuando me meta a probar a fondo las roms tengo problemas, tendré que hacer dos partes, una con las roms del MAME 0.78 para el core 2003+ y otra con las roms del MAME 0.139 para el core 2010, aunque de momento, ya te digo que no me ha tirado para atrás ningún juego en la pi, aunque no he probado muchos.
También le he metido el AdvanceMAME 0.106 completo que rula bastante bien y el MAME 0.206 (original y compilado en la pi) que con algún juego de los más modernos se ralentizaba mucho. Espero que con la pi 4 este problema se subsane.
El mame está hecho para PC, se empezó desarrollando en MS-DOS y siguió en Windows. Las versiones para linux, arm, etc. son posteriores, así que es normal que en máquinas NO-PC dé más problemas de los que da en los PC's.