que yo sepa tienes 2 maneras:
RESTAURAR DE FABRICA, desde los propios ajuste del movil, en restablecer de fabrica , que te da la opcion de hacer una copia de seguridad
DESDE EL MENU OCULTO, o reset boot, desde la combinacion de teclas, Home+volume +/- (segun el modelo es volumen+ o volumen) que ese te lo deja bien formateado y con las app justas del sistema
para el tema de aplicacion APK descargadas desde el explorar de android en la carpeta download o apk (en mi caso ke es xiaomi) desde poder copiarlas o sacarlas del movil