Por lo que veo en esos pantallazos cuando lanzas ese emulador no es cuando se lanza la configuración de tus mandos para usarlos como un ratón así que ya la tienes que tener lanzada cuando arrancas MALA o bien cuando arrancas el ordenador lo cual no lo veo lógico.
Con qué juegas a los emuladores? Con los mandos de tu recreativa o con pads de xbox, playstation o similares?
con los mandos de la recreativa los joystick de las maquinas recreativas de toda la vida
Pues entonces parece ser que la persona que te ha configurado la recreativa te lanza esa configuración al iniciar el equipo así que te pongo por orden de preferencia lo que puedes hacer:
1.- Ver como se lanza dicha configuración y quitarla del inicio del arranque del ordenador para únicamente lanzarla cuando realmente te haga falta.
2.- Usar el programa nomousy para ocultar el ratón en el emulador que te lo muestra en pantalla.
3.- Intentar usar mi programa AllInOneFYC para hacer lo mismo que el programa nomousy.
En los tres casos, tendrías que ver como modificar en MALA los emuladores que necesiten usar las palancas como ratón así como al cerrar MALA y salir al windows.
Saludos