También dependerá del formato y si quieres solo un lector o si buscas un programa que te permita administrar y ordenar una colección de cómic.
Para cómic, yo suelo ser bastante simple, los tengo ordenados en directorios, así que no necesito ningún gestor, aunque para libros si que uso calibre, como bien dice Treme.
En el PC, utilizo "Okular" que me permite abrir formatos como CBZ, CBR o PDF que son los más comunes. En realidad lo uso para ver todo tipo de documentos, no solo cómic.
Para dispositivos móviles no recomiendo la aplicación de kindle (ni una kindle como tal) porque son incomodas a la hora de estar haciendo zoom, o sea, si tienes una tablet de tamaño decente y cómic que puedas leer a ese tamaño, va genial, pero si tienes que hacer zoom para leer entonces es bastante engorroso.
En mi caso, para los formatos CBZ y CBR, utilizo el "ACV", un visor gratuito y liviano que cumple, aunque a veces da problemas con los CBR, motivo por el cual yo tengo convertida toda mi colección a CBZ.
Para los cómic en PDF, tengo el "Aldiko Premiun" que es un lector de libros pero que va genial con los cómic en PDF. Tiene una versión gratuita, pero no sé que tal sea, yo tengo la versión paga y va genial.
EDIT:
Por cierto, si quieres convertir un cómic en PDF a CBZ o CBR lo puedes hacer con el comando:
"pdfimages -j archivo.pdf directorio_salida"
y luego comprimes el directorio de salia en .ZIP o .RAR y lo renombras a .CBZ o .CBR respectivamente.