Yo tengo el zinc configurado en Mala perfectamente. Lo hice con un tutorial que hay por ahí en alguna de las webs de arcade españolas, busca en google algo así como "Zinc mala wrapper".
Básicamente consiste en usar un wrapper (o lanzador, o llámalo como quieras) que hace una tabla de equivalencia entre el nombre del zip y el nombre de la rom (que en zinc son 1,2,3,4... con lo cual es un poco lioso), luego creas un archivo de controles donde guardas los controles de player1 y 2 tomando de referencia unos txt donde te pone que valor hexadecimal corresponde a cada tecla (o en caso de joysticks es algo asi como j1b1). Luego le dices al archivo de conf del wrapper que archivo de control quieres para cada juego (puede ser el mismo para todos si quieres) y listo.
Yo en mi caso a parte, cree una lista en el mala para darle nombres más bonitos a los juegos, o sea en vez de que en la lista saliera sfex, pues, Street Fighter EX.
Como puedes ver...