Depende de como lo uses: lo que el fatmatch hace es comparar el primer directorio con el segundo, independientemente de que tengas roms, imágenes, videos... El primer directorio que le indicas es el "master", es decir el que se supone que tiene los nombres buenos, y el segundo es el que quieres depurar. Si, por ejemplo, quieres renombrar las roms con el mismo nombre que las imágenes (muy útil en hyperspin), en el primer directorio le indicarás el directorio donde tengas las imágenes y en el segundo donde tienes las roms.