Pues yo he revisado el hdd externo carpeta por carpeta y no tengo nada de eso que comentas.
Es muy raro eso que dices...puede ser que hicieses una particion al dar formato y te haya creado una parte como interno para guardar cosas del sistema y lo demás como externo.
Leí que se podia hacer esto mismo al dar formato desde la consola.
Pero es rarisimo esto que me comentas porque yo puedo pasar los perfiles al hdd externo sin problema y no tengo particiones ni nada raro,ni gigas robados así por la patilla