¡Hola empardopo! Yo uso bastante este emulador, y como tú dices, su única pega es que tiene tantas opciones que se hace un poco engorroso.
Para lo de los controles, primero cargas el juego, y en el juego te saldrá el típico menú que pone (1 KEMPSTON, 2 CURSOR, 3 REDEFINE, ETC)....
Pues bien, te vas a la pestaña CONTROLS del emulador (ver min. 4:10)...
... y ahí te salen unas pestañas con los controles preconfigurados para KEMPSTON (joystick Kempston, la inmensa mayoría funciona con esto), SINCLAIR I, SINCLAIR II, etc.
Como digo, pulsas Kempston y luego vuelves al menú teclado y pulsas la tecla que el menú del juego te indique Kempston.
Respecto a lo del soporte de archivos .RZX los reproduce pero no los graba... una verdadera lástima. Yo sólo he reproducido unos cuantos y algunos me han dado problemas (empezaba bien la partida y luego se desincronizaba e iba loco el personaje).
¡Genial emulador este ZXDS! ¡A disfrutarlo!