Bueno, si empleas un archivo ini, no importa qué versión del moveroms emplees, creo que no hay diferencias. Las diferencias es si utilizases el mame.xml que genera el propio mame, ya que ahí hubo cambios entre versiones.
De todos modos no he encontrado ese archivo arcade.ini, pero he realizado una prueba con el Bios.ini, marcando sólo una de las bios:
y funcionó correctamente, copiándome sólo los tres juegos que existen para esa Bios según el archivo ini
Si me puedes enviar el archivo arcade ini, para ver las roms que intentabas mover y las que se han movido puedo intentar echarle un ojo.
Saludos.
PD: Por cierto, adjunto la versión de moveroms que funciona con las versiones actuales de mame (desde que se fusionaron mame y mess)