Antes de nada,has borrado algunos juegos que tenias repetidos?
El porque te lo pregunto es por el set rom de mame que hayas bajado,me explico,hay algunos set en los cuales los juegos originales y los bootlegs,hacks,etc,estan juntos,hay otros set roms en los cuales los archivos de tal juego estan separados,te dejo u nparrafo del compañero insertmorecoins que explilca la diferencias entre ellos,a lo mejor has borrado un archivo creyendo que era un clon y resulta que era un archivo del juego original
Non Merged Sets : Son los Romsets totalmente completos, es decir, funcionara el PARENT ROM y cualquiera de los clones independientemente de tener el PARENT ROM, ya que conservan todos los archivos necesarios para su ejecución. Como inconveniente tenemos que al almacenar todos los datos por separado, se duplican archivos, ocupando mas espacio, pero por contra podemos jugar a un clon sin necesidad de la rom original.
Merged Sets : Se unen en un mismo archivo .zip todas las roms de un juego, es decir que en un mismo archivo estarán todas las versiones de ese juego. El inconveniente es que para borrar una rom clon debemos saber que archivo es el que hay que borrar, lo cual a menos que conozcas la placa original es imposible. Por otro lado ocupa menos espacio que el Non Merged Set.
Split Sets : Tendremos por un lado el PARENT ROMSET completo, y por otro lado solo tendremos solo las roms que componen el clon. Es el método más utilizado así que muchas de las actualizaciones entre versiones tendrán este formato.