Dejo esto para el futuro , por si alguno lo necesita , a parte de hacer esos archivos .ini , que yo no lo habia probado.
Dentro de la carpeta de mame hay una carpeta cfg.
Ahi , cada vez que arrancas un juego se crea un archivo .cfg para cada rom.
1941.cfg , bombjack.cfg , toki.cfg....
En este archivo puedes colocarle configuraciones "especificas" para cada juego.