¿que de Igual para qué?.
Lo normal en los monitores, es que los pixel sean cuadrados, por ende, según la "forma" del monitor será la resolución nativa que este tenga, aún así, los monitores modernos soportan diferentes resoluciones, aunque la calidad de imagen es mejor cuando se trabaja con su resolución nativa.
Las resoluciones que están en 4:3 son más fieles a las resoluciones originales de los arcades, si tienes una resolución que sea diferente, como podría ser 5:4, 16:9 o 16:10 igual puedes ejecutar los emuladores.
Lo que puedes hacer con el emulador es mantener la relación de aspecto, o sea, el emulador ejecutara la imagen en 4:3 y el resto del monitor quedará en negro, ejemplo, las clásicas lineas negras en los bordes (ver imagen adjunta).
También puedes estirar la imagen, pero casi todo el mundo concuerda en que eso es un pecado capital.
Al final, es tal cual dijo Empardopo:
Lo de quedar bien o mal ya te digo yo que es cuestión de gustos y preferencias...