Buenas, me he encontrado esta mañana con este programita
ControllerRemapGUI.
No lo he probado y 100% no tengo claro cómo funciona pero si mi inglés no me falla es algo así para que si se usan controles USB con el MAME no haya problemas cuando se desconectan y luego se vuelven a conectar.
http://youtu.be/Clvwm_x4IoMSi alguien lo prueba que comente si funciona bien...