Existen programas para configurar el Joystick con teclas ya asignadas en el teclado.
Uno de ellos y el que yo uso cuando lo necesito es el 'JoyToKey' que viene bien en estos casos
A la izquierda podrás crear cuantas configuraciones distintas crees oportunas, y llamarlas como sea, o ponerles el nombre del juego para el que las configuraste .. por ejemplo
En el cuadro de la derecha podras asignar las teclas al Joystick, yo en este caso le he asignado las que tenia configuradas por defecto en el juego 'WSAD' direccionales y 'JK' como botón 1 y 2
Te recomiendo usar el asistente 'Auto Setting Wizard' y salir de él en cuanto hayas asignado las teclas que necesitas, también puedes hacer 'dobleclic' en cada fila para asignarlas 1 a una
Después minimizas el programa y ejecutas el juego o el 'DosBox' en tu caso. Siempre y cuando tengas abierto el programa 'JoyToKey', aún en segundo plano, serán efectivas tales asignaciones para el mando.