KikeBronx, prueba lo que te te comentado por curiosidad.
Otra opción para probar sería modificar el fichero bat y dejarlo así:
cd c:\
cd c:\<ruta emulador>
start /min WinKawaks.exe
AllInOneFYC1044.exe
pero deberías modificar también el fichero ini de AllInOneFYC para definir una tecla para cerrar AllInOneFYC.
[Cerrar]
ActivarCerrarScript=YES
TeclaCerrarScript1=q
TeclaCerrarScript2=
en este ejemplo he puesto la letra q.
No obstante, para mañana voy a intentar subir una modificación de AllInOneFYC con una mejora de la activación del foco en el que además creo que podré conseguir traer el proceso que quieras al foco. En tu caso dices que el juego Flappy Bird se queda detrás pues mi programa podría hacer que la pantalla del juego se pusiera delante y además con el foco.
Saludos