Muchas gracias por la ayuda, por fin consegui lo que queria gracias a tus pistas. Explico un poco, por si le sirve de ayuda a alguien.
Por ahora no me meti en el AllInOneFYC, ya que necesitaba modificar opciones del emulador, por lo que cree varias carpetas con el emulador dentro segun los juegos con configuraciones distintas del makaron(tipo de bios, controles, pantallas rotadas, etc etc).
De tal modo que el batch quedaria asi.-
if "%1" == "D:\Roms\MakaronRoms\ikaruga.dat" (goto ikaruga)
if "%1" == "D:\Roms\MakaronRoms\GuiltyGearXXAccentCore.dat" (goto genericoJap)
if "%1" == "D:\Roms\MakaronRoms\under_defeat.dat" (goto ikaruga)
if "%1" == "D:\Roms\MakaronRoms\vs2_2k.zip" (goto VirtuaStriker2)
if "%1" == "D:\Roms\MakaronRoms\cvs.dat" (goto genericoJap) else (goto generico)
exit
:ikaruga
cd C:\Emuladores\Makaron\Ikaruga
naomi.exe %1%2
exit
:generico
cd C:\Emuladores\Makaron\Makaron 12-7
naomi.exe %1%2
exit
:genericoJap
cd C:\Emuladores\Makaron\GenericoJap
naomi.exe %1%2
exit
:VirtuaStriker2
cd C:\Emuladores\Makaron\Virtua Striker 2
naomi.exe %1%2
exit
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Luego en command line habria que poner: %path%\%rom%.%ext%
y el ejecutable es el bat que incluye todo ese texto anterior.
Ahora me voy a meter con el AllInOneFYC para cerrar el emu con un boton y cosas asi, pero me asaltan varias dudas.-
+¿Permite crear un joystick virtual? en juegos de pc como virtua tennis 3, no se puede poner el segundo player como teclado...
+¿Se pueden ejecutar pulsaciones de teclado iniciales sin tocar botones? por ejemplo en algun juego del makaron habria que pulsar f11 y luego cambiar alguna configuracion para que los juegos no muestren fallos graficos, si esas pulsaciones se pudiera automatizar, seria la hostia (de no poder hacerse, tal vez en el batch se pueda conseguir con algun comando, pero lo desconozco).
Perdon por el ladrillo y un saludo.