Hay juegos de neogeo con ligeras diferencias entre consola y recreativa, algunos cambia el numero de vidas, en otros puedes elegir la ruta, otros tienen sistema de puntuación distintos... pero en lo general si, son lo mismo ya que el juego es el mismo.
Pero no necesitas tener duplicado ninguna rom, que es lo que abulta, le metes el emulador 2 veces, uno con la configuración modo consola y otro configurado en modo arcade y al hyperspin le dices que las roms las busque de la misma carpeta de roms, puede, de eso no estoy seguro, que incluso se pueda cambiar de modo por línea de comandos al llamar al emulador por lo que no haría falta ni que tuvieras el emulador 2 veces, solamente el sistema dos veces en el hyperspin.