Me explico un poco más...
Si sólo queremos cambiar la configuración de pocos juegos, podemos hacer lo siguiente:
1- abres retroarch, y ejecutas el juego que quieras cambiar la configuración para ése juego con el core flycast
2- abres el quick menú (tecla F1 normalmente) y haces los cambios de botones que necesites.
3- dentro del quick menú vas al apartado CONTROLS > SAVE GAME REMAP FILE
4- esto creará un fichero en la carpeta .../retroarch/configs/remaps/flycast con el nombre del juego y la extensión RMP, por ejemplo juego.rmp
Si queremos hacer el cambio para muchos juegos
Retroarch guarda la última configuración por defecto, así que tendremos que guardar 2 configuraciones con los controles que queremos usar en cada caso
1- abres retroarch, y ejecutas un juego
2- abres el quick menú (tecla F1 normalmente) , vas al apartado CONTROLS > SAVE CORE REMAP FILE <-- esta es la confiuración 1
3- el fichero remapeado para este core se guarda en .../.../retroarch/config/remaps/flycast
4- renombras este fichero por retroarch_naomi1.cfg y lo colocas en la carpeta de opciones del retroarch
5- ahora ejecutas el juego que quieras cambiar la configuración para ése juego con el core flycast
6- abres el quick menú (tecla F1 normalmente) , vas al apartado CONTROLS > SAVE CORE REMAP FILE <-- esta es la confiuración 2
7- renombras este fichero por retroarch_naomi2.cfg y lo colocas en la carpeta de opciones del retroarch, como el anterior
8- ahora hay que cambiar la línea de comandos que usas para ejecutar el retroarch en los juegos que necesitan esta configuración, hay que añadir este texto según si quieres que se ejecute con los controles por defecto o con otros --appendconfig retroarch_naomi1.cfg ó --appendconfig retroarch_naomi2.cfg
Te quedaría algo así: (no copies y pegues este texto, es sólo un ejemplo, el nombre del core casi seguro que está mal)
antes c:/retroarch.exe -L flycast_libretro.dll jueguecillo.xxx
ahora: c:/retroarch.exe --appendconfig retroarch_naomi1.cfg -L flycast_libretro.dll jueguecillonormal.xxx
c:/retroarch.exe --appendconfig retroarch_naomi2.cfg -L flycast_libretro.dll jueguecilloespecial.xxx