buenas Yonitron
Creo que los controles del HyperHQ, es solo para el frontend, y no para cada emulador, de hecho a la mayoria de gente tiene problemas para configurar los controles del joystick desde el HyperHQ y recurren al JoytoKey o Xpadder
ahora, para cada emulador , yo te recomiendo que configures cada mando, porque no todos los emuladores tienen los mismo botones, por lo menos en el orden,
referente al orden de los controles, ahora mismo no me acuerdo bien, pero creo que es en el orden en que lo vayas poniendo, me explico, si conectas de primeras el joystick 2, este se asignara como el pimer mando en el pc, entonces recomiendo ke vayas conectado los joystick o mandos en orden desde el 1 al 4
para configurar los gamepads por un lado y los joystick por otro, lei en su dia un foro un conmutador, para ir intercambiando entre gamepads y joysctick cuando uno quisiera
y para lo ultimo que hablas de cargar la configuracion de los arcades, si los botones del gamepads, coinciden en el orden con los joystick, no habra problemas, si no fuese asi, simplemente el orden sera distinto
nose si es mas o menos lo que quieres saber, pero yo monte varias recres con estas opciones, de tener 2 joystick y 2 mandos de ps2, y conmutar entre ambos segun para que emuladore o juegos, si igualemente te haces la picha un lio o algo, escribe por privado