Yo también uso el J-Pac desde hace 10 años y ningún problema. Además uso el hyperspin y lo reprogramo sin problemas para usarlo con distintos sistemas, pero lo que nunca empleé es el RocketLauncher así que no te puedo ayudar @Charlie_Arcade.
Lo que yo hago es usar archivos bat como si fueran los emuladores y en ellos reprogramo el J-Pac, lanzo el emulador y al salir reprogramo el J-Pac de nuevo.
Por ejemplo, este sería el .bat de mi sistema danmaku (ahí metí los touhou y varios danmakus más de pc, como el Blue Wish Resurrection, Cho Ren Sha 68k, Ikaruga, rRootage, ...)
SET Xogo=%1
SET Touhou=%Xogo:~1,7%
IF %Touhou%==Touhou (
"%PROGRAMFILES(X86)%\WinIPAC\WinIPAC.exe" "%PROGRAMFILES(X86)%\WinIPAC\Layouts\Touhou.ipc"
) ELSE (
"%PROGRAMFILES(X86)%\WinIPAC\WinIPAC.exe" "%PROGRAMFILES(X86)%\WinIPAC\Layouts\Shmup.ipc"
)
%Xogo%
"%PROGRAMFILES(X86)%\WinIPAC\WinIPAC.exe" "%PROGRAMFILES(X86)%\WinIPAC\Layouts\Mame.ipc"
Aquí se ve que reprogramo el J-Pac con la configuración Touhou o Shmup (dependiendo en este caso del nombre del juego) luego lanzo el juego ("%Xogo%") y al salir vuelvo a reprogramar la configuración Mame, que es la que uso por defecto tanto en MAME como en el Hyperspin.
Saludos.