Como algunas mesas de las más antiguas tienen definido el monedero como 5, y el start como 1 o S desde su script, lo mejor es definir los botones que uses con esas teclas.
Para las que usan roms con vpinmame, para grabar los ajustes de la máquina, como volumen, puntuaciones, etc, necesita grabar la nvram, que lo hace al hacer un reset (F3) o al cerrar el programa.
El problema con AllInOneFYC es que no lo cierra, sino que mata el proceso, con lo que no graba el nvram. Creo que el comando que sirve para cerrar bien es WinWaitClose, o algo así, al menos en autohotkey.
Una solución (un parche que funciona) es cambiar la tecla que usa VP para el reset, definida en VPMKeys.vbs, cambiando F3 por la tecla que tengas definida en el botón de salir, usando la lista que hay al principio del script.