La verdad no he encontrado ningun tutorial de como hacer esto.
A ver si Pacman me confirma como lo hace porque creo que el .dat y el clrmame se puede hacer tambien.
Yo he combinado un par de programas y parece que ha funcionado.
El proceso es el siguiente:
1_ Necesitamos un romset non-merged
2_ Siguiendo los pasos de este tutorial
http://arcadespain.info/Foro/index.php?PHPSESSID=ssbs9ds0vk5qqm61pgusc34t65&topic=2821.0
con romlister generamos la lista en .txt de parents only.
Para ello le colocamos en la linea de filtros romlister lo siguiente
!playable & !cloneof
3_ Nos bajamos el machimatch , importamos la lista en .txt le damos a la opcion de match exacto y esperamos a busque las roms que coinciden al 100%
Luego marcamos la opcion mover en vez de renombrar.
Yo le he desmarcado la opcion de dejar copia del original xq es mas rapido y ademas no quiero tener las parent en dos sitios.
Y listo ,