Bueno, lo he solucionado todo, gracias a este foro y en especial, gracias a Empardopo y Oberworld, ya que sin ellos no hubiese sido posible.
Os expongo todo lo que he hecho, porque supongo que le vendrá bien alguien que se encuentre con los problemas que yo me he encontrado.
1) El problema de ootake está solucionado, al final encontré la opción que permitía que el emulador arrancara a pantalla completa.
Lo cierro con allinonefyc: el botón "coin" de la maca correspondería a ALT+F4.
2) El problema del listado de juegos para Streets Of Rage era que me aparecía tambien el allinone al filtrar por bat en MALA. Pues he metido el allinone en otra carpeta dentro de la carpeta del Streets of Rage y he modificado el bat dejándolo así: (y funciona perfecto)
3) Trasteando con el maldita castilla he probado suerte con el joytokey y ha dado resultado positivo, ya puedo jugar y cerrarlo perfectamente.
Esta es la carpeta del maldita castilla:
Este es el bat:
Y esta es la configuarción del Joytokey:
En mi caso esta es la configuración del JoytoKey, usando ipp y 6 botones más start más coin para jugador 1.
Fijaos el detalle de dejar los botónes 1 a 4 en blanco, porque teoricamente son los que corresponden a las direcciones del joystick. Luego configuro disparo, salto y start y mediante la pulsación de dos botones cierro el juego y vuelvo a mala.
Espero que sirva a alguien, y como he dicho al principio, mil gracias a todos.
Ahora ya quedan cuatro detalles que espero no me den problemas: malatree, ocultar win7 y educar la tarjeta.
Saludos.
EDITO: Finalmente he vuelto a poner el allinone en la misma carpeta del Streets Of Rage, me daba problemas en mala, he modificado el .bat y listo. Todo OK.