Hoy encontré este programa, Antimicro, básicamente es un programa similar a Joy2Key que permite remapear botones de un gamepad a teclas o funciones de teclado, ideal para juegos que no tienen soporte nativo para gamepad.
En funcionamiento es bastante similar a Joytokey, tiene un menú gráfico mediante el cual podemos configurar que teclas o acciones queremos asociar con el gamepad, así como calibrar los ejes del mismo, una vez creada una configuración la podemos guardar como un perfil y luego lanzar el programa mediante el comando "--profile" para cargar el perfil según sea el juego.
Dentro de las ventajas de Antimicro, es que no se abrirá ninguna ventana de licencia al momento de ejecutar la aplicación (como si pasa con joy2key).
Antimicro es multiplataforma, así que funciona en linux como en windows.
Tiene licencia GPL y es de código abierto, por lo cual lo pueden redistribuir sin problema y en caso de necesidad y que sepan, pueden modificar el código fuente del programa.
Edit:
Me olvidaba de dejar los link.
En el blog de Antimicro tienen la versión compilada para windows
https://bintray.com/antimicro/antimicro/antimicro/2.23Y en GitHub el código fuente
https://github.com/AntiMicro/antimicro