Solo habría que cambiar el exe verdad no hace falta cambiar las otras carpetas porque sino cada vez que salga uno nuevo cambiar todo seria un faenon.
Yo creo que habría que hacer al contrario de lo que comentas... Es decir, descomprimir en una carpeta nueva la nueva versión y pasar los ficheros que tú hubieras añadido del antiguo al nuevo.
No tengo claro si han cambiado más cosas...
Yo lo he hecho en un momento y creo que lo dejado tal cual lo tenía.
He copiado de la versión antigua a la nueva:
+ el directorio romlists.
+ el mame.cfg porque era el único emulador que tenía configurado.
+ Un módulo que yo había añadido.
+ los ficheros attract.cfg y attract.am que creo que son los que tienen la configuración del emulador.
+ Los layouts que yo había añadido como el del arcadespain.
Me ha funcionado bien manteniendo todo como lo tenía.