El problema es que, según dice, solo puede lanzar la aplicación por cada juego, es decir que tendría que ponerse a configurar juego por juego para que lanzara el allinoneFYC.
Según parece no tiene opción para lanzar una aplicación externa cuando se lance el emulador.
Yo no lo sé ya que nunca he usado launchbox.
Lo que sí que es raro es que los scripts de autohotkey no le funcionen tampoco en launchbox.
Yo los pruebo con autohotkey y funcionan perfectamente, pero cuando el copia el mismo script en launchbox, nada de nada.