Monta la IMG con
mount -o loop file.img /mnt/img
Ahora puedes editar, borrar o agregar archivos como si fuese cualquier otro directorio y luego la desmontas y listo
umount /mnt/img/
Puede que necesites hacerlo como SUDO dependiendo de los permisos que tengas.
La imagen de una RPI será un poco más complicada ya que tienes más de una partición en el interior y al momento de montarla necesitas indicar en que parte del archivo está el inicio de cada partición, en ese caso, primero corre un
fdisk -l file.img
Eso te arrojara varias líneas de información, donde lo que nos interesa es lo siguiente:
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Units = sectors of 1 * 512 = 512 bytes
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Device Boot Start End Blocks Id System
bios 8192 122879 57344 c W95 FAT32 (LBA)
rpi 122880 5785599 2831360 83 Linux
La primera partición, llamada "bios" inicia (Start) en el sector 8192 y como cada sector tiene 512 bytes, entonces la primera partición estaría en el byte 512 * 8192 = 4194304
La segunda partición estaría en el byte 512 * 122880 = 62914560
Ahora para montar, debes agregar el comando "offset" y colocar la posición en byte
mount -v -o offset=4194304 -t vfat file.img /mnt/img/1
mount -v -o offset=62914560 -t ext4 file.img /mnt/img/2